在试管婴儿治疗中，前期检查时发现了15颗基础卵泡，但是最终取卵时只有13颗卵子，这种情况可能有以下原因：

1、自然排卵：在试管婴儿治疗周期中，会使用超排卵药物来促进卵泡的发育和成熟，但是即使在药物的作用下，也不是所有的卵泡都会发育成熟。因此，在取卵时，可能会有一部分卵泡自然排卵或者没有发育到足够大小，导致取出的卵子数量少于预期。

2、卵子回收不完全：在取卵过程中，医生会使用专用的设备和技术将卵子从卵泡中吸出。但是，有时候可能会有一部分卵子没有被成功回收，这也会导致实际取出的卵子数量少于预期。

3、实验室操作问题：在实验室操作中，可能会发生一些意外情况，导致一部分卵子被破坏或者丢失。例如，在卵子培养过程中，可能会有一部分卵子因为温度、湿度或者营养等问题而死亡或者停止发育。

4、药物反应：在试管婴儿治疗中，会使用大量的药物，这些药物可能会对卵巢和卵子的发育产生一些不良反应。例如，一些超排卵药物可能会导致卵巢过度刺激综合征，影响卵泡的发育和卵子的质量。

需要注意的是，即使取出的卵子数量少于预期，试管婴儿的治疗效果也不会受到太大的影响。因为只要有一颗健康的卵子，就可以进行胚胎培养和移植，最终实现成功妊娠。同时，医生也会根据患者的具体情况和需要，调整治疗方案和策略，确保治疗效果的最佳化。